El entrenamiento funcional implica:

2. Coordinación intermuscular entre grupos musculares. Muchos músculos se ayudan unos a otros para crear momentos (o torques) alrededor de una articulación. Estos son típicamente llamados sinergistas. Los músculos que se contraen para crear momentos de fuerza al otro lado de la articulación se denominan antagonistas. Esta distinción es aceptable solo para la discusión más rudimentaria de la función, pero se vuelve problemática para las discusiones dirigidas a desarrollar un verdadero entrenamiento funcional de alto nivel. Cada músculo, en un grupo de sinergistas, tiene una arquitectura diferente y realiza funciones diferentes, por lo que no son sinergistas en su totalidad. Tomemos el ejemplo de los flexores de cadera, el recto femoral, el psoas y el ilíaco. Cada uno juega un papel diferente en su función de proteger la articulación y estabilizar las articulaciones adyacentes. Esto tendría efectos importantes cuando se diseña una rutina de estiramiento para los flexores de cadera, llamándolos sinergistas se ignora la mayoría de sus funciones, asegurando un diseño de ejercicio funcional pobre. Del mismo modo, con los antagonistas, aunque pueden ser antagonistas de momento, estos músculos están desempeñando funciones para estabilizar la articulación, equilibrar las fuerzas de cizallamiento y los movimientos de la articulación y contribuir a los roles funcionales de las articulaciones adyacentes, unidas con sus tendones asociados.

3. Vías de facilitación e inhibición de reflejos. Estas vías actúan para modificar la contracción muscular a través de la conexión del cuerpo. A menudo se ven perturbados por la existencia de dolor crónico y agudo. Se ven afectados por la postura y equilibrio en el entorno, y son altamente adaptables y entrenables.